Основні зусилля відділу спрямовуються на попередження, виявлення та припинення проявів корупції, локалізацію злочинних угруповань, які діють у сфері підприємництва, кредитно-банківській і фінансовій системах, боротьбу з контрабандою, припинення діяльності організованих злочинних угруповань насильницького спрямування, протидію незаконному обігу наркотиків, незаконній міграції та торгівлі людьми.
Останніми роками завдяки вжитим спільно з іншими правоохоронними органами заходам заарештовано лідерів і найактивніших членів організованих злочинних угруповань насильницького спрямування, які у 1997—2005 роках скоїли серію резонансних злочинів: захоплення заручників, вбивства на замовлення тощо.
У серпні 2004 року співробітниками спецпідрозділу спільно з регіональним підрозділом Управління оперативних розробок Департаменту карного розшуку МВС України проведено спецоперацію, в результаті якої затримано чотирьох громадяни України, вилучено з незаконного обігу велику кількість пластичної вибухівки, потужні вибухові пристрої, гранати, реактивні протитанкові гранатомети і боєприпаси для стрілецької зброї.
Того ж року співробітники відділу припинили спробу контрабандного переміщення на територію України особливо небезпечної наркотичної речовини — героїну. В аеропорту Одеси при огляді валізи громадянина Пакистану, який прибув рейсом “Дубаї— Одеса”, було виявлено 34 поліетиленові пакетики з речовиною, що мала загальну вагу 931,8 г (за результатами експертизи —діацетилморфін, тобто героїн). Вироком суду злочинця позбавлено волі на 9 років.
У грудні 2005-го Малинівським судом м. Одеси до різних термінів покарання засуджено членів угруповання, причетних до виготовлення і збуту підроблених грошових знаків Молдови. Вилучено майже 190 тис. фальшивих молдовських леїв.
У рамках протидії організованій злочинній діяльності у сфері незаконного обігу наркотичних речовин і недопущення поширення на території регіону наркотиків проведено спільно з іншими правоохоронними органами спеціальну операцію. На прикордонній території Ренійського району Одеської області виявлено 7 га незаконних посівів (серед кукурудзи міжрядним способом) конопель. Майже 30 тисяч кущів наркомісткої рослини (загальна вага — понад 6 т) знищено.
Викрито протиправну діяльність міжнародної злочинної групи, на рахунку якої 16 епізодів шахрайських дій на суму 2 млн. грн., а також припинено спробу членів цього угруповання незаконно одержати в одному з банків понад 38 млн. гривень.
Тільки у 2006 році спецпідрозділом по лінії боротьби з корупцією та організованою злочинністю і за його матеріалами порушено 147 кримінальних справ, до кримінальної відповідальності притягнуто 18 злочинців, конфісковано 88,3 млн. гривень, повернуто до держбюджету майна і цінностей на суму понад 8,5 млн. гривень, із-за кордону повернуто валюти майже на 2 млн. гривень, унеможливлено завдання економічних збитків державі на 33,1 млн. гривень, вилучено до 24 кг наркотиків та 5 одиниць вогнепальної зброї.
