Основні зусилля спецпідрозділу спрямовуються на викриття хабарників і корупціонерів, виявлення і припинення злочинних діянь окремих осіб, які можуть завдати значних збитків державі. Лише 2005 року в Харківському регіоні співробітниками спецслужби виявлено понад 100 чиновників-корупціонерів.
За матеріалами спецпідрозділу прокуратурою Харківської області порушено кримінальну справу стосовно старшого оперуповноваженого Харківського відділу податкової міліції УПМ ДПА в Харківській області, який вимагав хабара в розмірі 10 тис. доларів СІЛА від місцевої жительки за непритягнення її до кримінальної відповідальності. У жовтні 2006 року Червонозаводським районним судом м. Харкова хабарника засуджено до 4 років позбавлення волі.
Кордон з Російською Федерацією, наявність на території області трьох митниць визначають пріоритетність спрямувань спецпідрозділу — боротьбу з контрабандою і корупцією в митних органах. У липні-вересні 2002 року спецпідрозділом виявлено і припинено діяльність злочинної групи (до її складу входили колишні працівники митних органів), що налагодила канал контрабандного ввезення до України друкованої продукції, надаючи митним органам України підроблені документи щодо вартості вантажу. Було встановлено, що тільки протягом двох місяців зловмисники незаконно перемістили з Росії до України з приховуванням від митного контролю такої продукції на суму 1,5 млн. гривень. У серпні 2004-го Орджонікідзевський районний суд Харкова визнав винними п’ятьох учасників злочинної групи і засудив їх до різних строків позбавлення волі з конфіскацією предметів контрабанди на суму понад мільйон гривень.
У 2006 році співробітниками спецпідрозділу припинено спробу вивезення з України до Російської Федерації історичних цінностей: червонофігурна амфора, червонофігурна пелика із кришкою, чорнолакова канфара і перстень, які, згідно з висновком експертизи, мають велике історичне, наукове та художнє значення. За вироком Жовтневого районного суду м. Харкова контрабандиста засуджено до п’яти років позбавлення волі з конфіскацією предметів контрабанди у прибуток держави. У вересні цього ж року культурно-історичні цінності передано до Національного музею історії України у Києві.
У 2006-му викрито й канал контрабандного переміщення з України на територію Російської Федерації книжок, що становлять культурно-історичну цінність України. Зловмисника засуджено до трьох років позбавлення волі з конфіскацією предметів контрабанди. Вилучену літературу передано до Харківської наукової бібліотеки ім. В.Короленка для зберігання й використання в наукових дослідженнях.
Проведено успішні операції щодо знешкодження організованих злочинних груп, що займалися контрабандою, розповсюдженням та виробництвом наркотичних засобів. У 2000 році припинено діяльність злочинців з України і Нігерії, які організували міжнародний контрабандний канал постачання героїну із Таїланду та реалізацію наркотиків у Росії, Україні та Білорусії. Для виявлення організаторів і виконавців цього злочину було проведено комплекс оперативно-розшукових заходів у взаємодії зі спецслужбами Росії і США. У результаті спільної операції наркокур’єра затримали правоохоронні органи Таїланду, вилучено 1,32 кг героїну. Злочинця засуджено.
У 2005 році викрито і припинено канал контрабанди психотропних речовин з Англії через країни Західної Європи. Затримано двох жителів країн Балтії, вилучено майже тисячу пігулок екстазі.
Одним з основних напрямів роботи спецпідрозділу є виявлення, розробка та знешкодження організованих злочинних груп насильницького спрямування, зокрема тих, що здійснюють торгівлю людьми, сприяють незаконному усиновленню дітей іноземними громадянами, причетні до незаконного обігу вогнепальної зброї, боєприпасів, вибухових і радіоактивних речовин, виготовлення та збуту фальшивих грошей.
У 2006-му викрито злочинну групу, що “продавала” громадянок України, в тому числі неповнолітніх, до однієї з арабських країн для сексуальної експлуатації. Зловмисники намагалися авіарейсом “Київ—Дубаї” відправити за кордон 14 громадянок, серед яких були представниці 8 регіонів країни. Стосовно членів злочинного угруповання порушено кримінальну справу.
Загалом протягом 2006 року у сфері боротьби з корупцією і організованою злочинністю за матеріалами спецпідрозділу порушено 283 кримінальні справи. До кримінальної відповідальності притягнуто 75 злочинців. Бюджет держави поповнено на 65,88 млн. гривень
З червня 2005 року спецпідрозділ УСБУ в Харківській області очолює полковник Дроботенко Олександр Богданович
