Історія управління як функціональної складової спецпідрозділу по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю СБ України, до завдань якого віднесено протидію корупції у митних органах, боротьбу з контрабандою та міжнародним наркобізнесом, бере початок з січня 1992 року.
Специфіка боротьби зі злочинністю, особливо в її організованих формах, полягає в тому, що неможливо виміряти — багато зроблено чи мало. Тому головним принципом у роботі цього підрозділу було і залишається правило: побачити найнебезпечнішу проблему, всебічно вивчити її та зробити усе можливе для подолання і запобігання повторенню.
Управлінням викрито й ліквідовано чимало злочинних механізмів та каналів незаконного переміщення через митний кордон України підакцизних і високоліквідних товарів. Приміром, припинено, контрабандне ввезення в Україну побутової техніки на суму майже 1,5 млн. грн. Завдяки професіоналізму оперативників, збережено для народу України багато культурних та історичних цінностей. Викрито діяльність злочинного угруповання, причетного до контрабанди через аеропорт “Бориспіль” стрілецької зброї іноземного виробництва.
Управління має досвід міжнародної співпраці у боротьбі з наркобізнесом, що прагне використовувати Україну і як транзитну територію, і як ринок збуту важких наркотиків. Спільно з російськими, німецькими, американськими, голландськими, польськими та іншими партнерами проведено операції проти міжнародних наркосиндикатів Еквадору, Колумбії, Нігерії. Вилучено та знищено десятки и сотні кілограмів героїну і кокаїну, тонни гашишу. Припинено діяльність підпільних високопродуктивних лабораторій, що виробляли синтетичні наркотики в Україні та за її межами.
У 1997 році в м.Севастополі спільно з українськими митниками і правоохоронними органами Великої Британії припинено контрабанду 624 кг кокаїну. Наступного року вилучено понад 6 тонн гашишу. Один з останніх прикладів — успішне завершення у листопаді 2005 року міжнародної операції, у результаті якої припинено діяльність транснаціональної злочинної організації, яка налагодила контрабанду в Україну кокаїну.
На початку 2006 року перелік вилучених до цього часу спецпідрозділом заборонених речовин було розширено після знешкодження злочинної групи, причетної до збуту в Україні психотропної речовини — псилоцину, прихованої у солодощах.
Своєрідним рекордом останніх років став результат тривалої міжнародної операції, у ході якої спільно з колегами з поліції Туреччини і Німеччини, Агенції по боротьбі з наркотиками США та у взаємодії з ДБНОН МВС України, українськими митниками і прикордонниками припинено транзит через нашу країну 46 кг героїну. Злочинці обладнали схованку на даху вантажівки і вдалися до інших “трюків”, але відволікти увагу правоохоронців їм не вдалося. Небезпечний вантаж, місцем призначення якого були ринки Західної Європи, пройшов через території країн Центральної Азії, Російської Федерації і був зупинений на кордоні України. Розслідування діяльності злочинного угруповання, причетного до налагодження цього каналу, триває одночасно у кількох країнах.
Команда з досвідчених керівників і оперативників, які вміють працювати самі і знають, яким чином спрямувати енергію молодих співробітників на досягнення вагомих результатів, — це запорука майбутніх успіхів і здобутків, що сприятимуть підвищенню авторитету української спецслужби у світовій правоохоронній спільноті, а України — на міжнародній арені.